On peut classer les bactéries grâce à la coloration de gram, qui distingue deux types de bactéries : les bactéries à Gram positif et celles à Gram négatif.
Le processus de coloration de gram est décrit dans le schéma ci-contre: 

Définitions : 

• Bactéries à Gram négatif 

1. Bactéries qui ne retiennent pas le violet de gentiane dans le procédé de coloration GRAM
2. En taxinomie bactériologique, bactéries enveloppées d’une membrane plasmique, d’une mince paroi de peptidoglican, et d’une membrane externe; la minceur de la paroi explique le caractère gram-négatif. Elles se distinguent clairement des autres eubactéries par la structure du peptidoglycan et par la présence d’une membrane externe. 

• Bactéries à Gram positif 

1. bactéries qui retiennent le cristal violet dans le procédé de coloration de Gram. 
2. En taxinomie bactériologique, bactéries enveloppées d’une membrane plasmique, doublée d’une épaisse paroi de peptidoglycan et dépourvues d’une membrane externe. Le caractère gram-positif est dû à l’épaisseur de la paroi et au taux de pontage élevé du peptidoglycan. Lorsque la paroi est trop mince pour que la coloration soit nettement positive, la bactérie est néanmoins classée comme gram-positive, si elle n’a pas de membrane externe. 

Gram plus et moins 
Etapes:

• fixation des bactéries sur une lame microscopique, 
• un premier colorant : le "violet de gentiane" 
• mordançage au lugol. Toutes bactéries sont alors violettes 
• lavage à l'alcool : seules les bactéries à paroi fines sont décolorées  
• surcoloration à la fuchsine (rouge) qui recolore les bactéries décolorées.

Après le processus de coloration de Gram, les bactéries possédant une paroi épaisse sont de couleurs violettes, on les appelle "à Gram positif" tandis que les bactéries à paroi fine sont colorées en rouge et appelées "à Gram négatif".

Le coccus gram positif est une bactérie de forme sphérique

Tout comme le coccus gram positif, le coccus gram négatif possède une forme sphérique

Les bacilles sont quant à elles en forme de batonnets

La Chlamydia est une bactérie qui provoque différentes maladies, à la fois chez les hommes et les animaux. 
C'est une bactérie parasite, c'est à dire une bactérie intracellulaire obligatoire. Elle possède son propre ADN, son ARN et ses enzymes et ribosomes, contrairement à la plupart des bactéries.

Leur paroi est de type gram négatif et les cellules de cette bactérie sont spiralées

Les Mycobactéries sont des bacilles fins, parfois incurvés.
Du fait de la structure atypique de leur paroi très épaisse, ces bactéries ne se décolorent pas ni sous l'action d'acides forts, ni sous l'action de l'alcool. Ces bactéries ne prennent donc pas la coloration de Gram, et ont par la même occasion plus de mal à obtenir les nutriments essentiels à leur survie.