Tout d'abord, il faut savoir qu'il y a deux types de résistance :

• Les bactéries peuvent être naturellement résistantes. On les appelle les bactéries sauvages. Ces dernières sécrètent une enzyme qui va bloquer l'antibiotique. 
  
• L’autre type de résistance est la résistance acquise. Celle-ci parvient suite à une trop forte exposition des bactéries aux antibiotiques. Les bactéries vont muter. Du coup, l’antibiotique ne peut plus se lier à la paroi des bactéries, puisque l’antibiotique va chercher un type de bactérie spécifique, qui n’existe plus : les bactéries, en mutant, ne correspondent plus à la cible de l'antibiotique. Il y a eu une ou plusieurs mutations génétiques qui font que la bactérie s'adapte à l'antibiotique.  (cf. fonctionnement de la résistance )

La multirésistance (résistance d'une bactérie à plusieurs antibiotiques) se développe très rapidement. Cette expansion est favorisée par les voyages, le commerce international, la délocalisation de la production dans les pays d'Asie, ainsi que le vieillissement de la population. En effet, les personnes âgées sont plus exposées aux bactéries, leur système immunitaire étant moins efficace.

De plus, on peut, attribuer la résistance des bactéries aux antibiotiques à la mauvaise utilisation des antibiotiques lors de leur découverte : à ce moment là, la pénicilline a été utilisée à tort et à travers, sur quasiment toutes les maladies. Présentée comme un remède miracle, la prise de Penicilline G était presque devenue un réflexe dès l'apparition de symptômes divers et variés, ce qui a permis aux bactéries d'être exposées  

L'automédication est aussi responsable de la résistance des bactéries, même si les antibiotiques ne sont accessibles que sur ordonnance  En effet, certains patients, dès la disparition de leur symptômes, arrêtent la prise d'antibiotique. Pourtant, cela est extrêmement dangereux, puisque l'antibiotique n'aura pas eu le temps de tuer toutes les bactéries, laissant les plus résistantes. Ces bactéries résistantes restantes vont se multiplier, et par la même occasion, transmettre leur résistance aux bactéries non résistantes.
Ainsi, en interrompant un traitement avant la fin de la durée indiquée par le médecin, on provoque une recrudescence des bactéries résistantes dans l'organisme, entraînant une rechute bien plus sévère que la maladie de départ. 

D'autres patients finissent les boites prenant la poussière dans leur placard. Or, ceci constitue un autre comportement favorisant la résistance aux antibiotiques. Il ne faut jamais prendre d'antibiotiques sans avis médical, ni prendre les antibiotiques prescrits à une autre personne, puisque chaque ordonnance est personnalisée pour le patient, suivant différents paramètres, comme l'âge, qui permettent de définir la posologie qui doit absolument être respectée.

Enfin, il ne faut pas oublier qu'en France, la crise économique persiste. Tout est donc fait pour diminuer au maximum les dépenses de santé. Par conséquence, la recherche de nouveaux antibiotiques est ralentie.
Le facteur économique incite aussi les laboratoires à concentrer leurs ressources de recherche et développement sur d'autre produits que les antibiotiques.  En effet, un ordonnance contenant un traitement du diabète ou pour la Maladie d'Alzheimer, est beaucoup plus intéressante pour un laboratoire qu'une ordonnance d'antibiotique :  les maladies chroniques entraînent des traitements sur 40 ans, alors que l'antibiotique constitue un traitement plus court. Plus le traitement et la durée des prescriptions sont longs, plus le laboratoire peut sécuriser ses profits à long terme, alors que la prescription des antibiotiques est ponctuelle.
En conséquence, de moins en moins d'antibiotiques sont créés,  ce qui ajoute un poids à la progression de la résistance.

Les bactéries peuvent passer d'une flore bactérienne à une autre essentiellement par la chaîne alimentaire, par exemple, la salmonellose est une bactérie qui peut être transmise de la viande bovine à l'Homme. Les sols, les eaux usées, les végétaux possèdent de nombreuses bactéries.  

Certaines bactéries sont mutatrices: leur taux de mutation peut être 10 000 fois plus élevé que chez les autres bactéries.  Ainsi, elles peuvent davantage résister aux antibiotiques.  Ces bactéries mutatrices se trouvent la plupart du temps dans la nature, comme dans les intestins des animaux.
Or, lorsqu'un humain consomme de la viande ces bactéries peuvent être transmises d'une espèce à l'autre.


Il ya donc des causes bien plus profondes que la surconsommation d'antibiotiques...

Les antibiotiques sont de plus en plus utilisés en médecine vétérinaire et dans l'alimentation animale. Dans les élevages, les antibiotiques ont trois usages:

• Tout d'abord, ils servent à soigner les animaux ayant attrapé des maladies. Les vétérinaire peuvent prescrire différents antibiotiques.
• Puis, ils sont utilisés de manière préventive. Les éleveurs gavent les animaux d'antibiotique de façon systématique, par élevages entiers sous prétexte du principe de précaution.
• Enfin, les éleveurs donnent des doses certes faibles d'antibiotiques à leurs animaux mais sur une durée conséquente pour les faire grossir : les antibiotiques permettent aux animaux de mieux assimiler la nourriture, et donc de diminuer le coût de production des viandes. Cette pratique est interdite par l'Union Européenne depuis 2006, même si elle a toujours cours en France.

Les causes de la résistance aux antibiotiques ne sont pas seulement la surconsommation d'antibiotiques par les Hommes, ou les mauvaises pratiques, mais c'est aussi l'usage des antibiotiques chez les animaux, comme le montrent les documents inclus dans cette page.
D'après le rapport de l'ANSES de 2011, page 17, même si la consommation d'antibiotiques par forme pharmaceutique de prémélanges médicamenteux a diminué entre 1999 et 2011, elle a été compensé par l'augmentation des traitements sous formes de poudres et de solutions orales.

D'après tous les documents inclus dans cette page, nous pouvons dire que la résistance connait deux causes majeures : la consommation excessive d'antibiotique due aux idées fausses, sur leur propension à vaincre n'importe quelle maladie, et l'utilisation abusive des antibiotiques dans l'élevage, qui, comme nous l'avons aussi vu sur la page des dangers, est aussi à l'origine de la pollution des milieux aqueux et de l’environnement en général.